Parfois, des aliments soumis à un traitement thermique de conservation de longue durée se détériorent malgré tout.
L'altération des conserves peut provenir d'un traitement thermique insuffisant, d'une recontamination après le traitement, par défaut d'étanchéité du contenant ou d'un entreposage à une température trop élevée.
Dans certain cas, l'action d'aliments acides sur le métal de la boîte de conserve provoque une détérioration chimique de conserves, sans intervention microbienne.
On évite ce problème en appliquant une laque sur les parois internes de la boîte.

Le principal risque sanitaire lié à la consommation de conserves avariées est le botulisme. Il s'agit généralement de conserves domestiques insuffisamment stérilisées.
Afin d'éviter cette intoxication alimentaire grave et tout danger pour la santé, les conserves d'aliments présentant l'une ou plusieurs des anomalies suivantes devraient être rejetées : boîte bombée, dégagement gazeux à l'ouverture, odeur anormale, couleur suspecte
Dans le doute, il est plus sûr de faire bouillir l'aliment une quinzaine de minutes, car la toxine est détruite par la chaleur.

Recontamination après stérilisation

La recontamination peut être responsables d'altération suite à une mauvaise étanchéité du contenant. Ces défauts se situent habituellement aux zones de sertissage, a cause de manipulations trop brutales, de chocs mécaniques ou des défectuosités de fabrication.
Après la pénétration des micro-organismes, la fissure peut s'obstruer avec des particules alimentaires, masquant ainsi le défaut d'étanchéité.
La contamination peut également avoir lieu durant le refroidissement qui suit le traitement thermique, l'eau servant à ces bains doit être chlorée pour éviter ce problème.

Traitement thermique insuffisant

Bien que l'altération des conserves commerciales soit devenue rare de nos jours, certaines anomalies peuvent tout de même provoquer un défaut de stérilisation :

Charge microbienne trop importante :
Durée du traitement thermique qui se révéle insuffisante si les matières premières ou certains ingrédients sont fortement contaminés.
Défectuosités dans l'appareillage ou erreur dans le calcul du temps d'application du traitement :
Le pH pour un même type de produit peut varier d'un lot à un autre et certaines boîtes dont le contenu est moins acide peuvent subir un traitement insuffisant.

Ces problème entraînent la survie de quelques cellules microbiennes thermorésistante, capables de reprendre leur activité et leur développement après le traitement.
Les altérations de conserves sont généralement provoquées par des bactéries de type Bacillus, Clostridium ou Desulfotomaculum.
La résistance à la chaleur de certains agents microbiens favorise leur survie.
Elles peuvent parfois résister à plusieurs heures d'ébullition dans les aliments peu acides.

Principaux types d'altération microbienne des conserves

Surissement sans production de gaz

Germes responsables :	Bactéries du genre Bacillus (en particulier B. coagulans et B. stearothermophilus) et des bactéries lactiques (Lactobacillus, Streptococcus et Enterococcus).
Description :
Fermentation des sucres de l'aliments (pois, maïs, jus de légumes, tomates et jus de tomate, pêches, jus de raisin, lait évaporé), produisant des acides organiques responsables du goût aigre. Ce type d'altération se remarque difficilement avant l'ouverture de la boîte puisqu'il n'y a pas de gonflement suspect.

Surissement avec production de gaz

Germes responsables :	G butyricum, G pasteurianum, B. polymyxa, B macerans, G thermosaccharolyticum
Description :
Le développement de ces bactéries dans les conserves entraîne un surissement avec bombement de la boîte. Des conserves de légumes peu acides, de viandes et de poissons peuvent subir cette altération. Moins fréquemment, certaines sont responsables du surissement de divers légumes (pois, asperges, épinards, tomates) et de quelques fruits (pêches).

Putréfaction avec production de gaz

Germes responsables :	G sporogenes, G putrefaciens et G botulinum
Description :
Production de différents gaz à odeur putride, ces gaz sont responsables du bombement de la boîte de conserve. Les conserves peu acides (viandes, poissons, légumes peu acides comme pois, haricots, maïs) sont touchées. Il est particulièrement important de jeter les conserves altérées car il y a risque de sécrèter une toxine mortelle durant son développement.

Noircissement

Germes responsables :	Desulfotomaculum nigricans (autrefois Clostridium nigricans)
Description :
La boîte ne présente pas de bombement suspect, mais une odeur nauséabonde s'en dégage à l'ouverture. Il s'agit généralement de conserves de légumes comme des pois ou du maïs. Altération plutôt rare aujourd'hui.