Les micro-organismes qui pullulent dans le sol, l'eau, l'air, sur les végétaux et les animaux qui nous servent de nourriture, sur les ustensiles et sur les personnes qui manipulent tous ces produits, contribuent tous à la contamination. L'ampleur de la contamination ou charge microbienne d'un aliment augmente ses probabilités d'altération avant sa consommation.

Étant donné la grande variété des composés nutritifs présents dans les aliments et la diversité des espèces microbiennes qui les contaminent, une multitude de réactions chimiques distinctes peuvent intervenir au cours de l'altération.
Selon la composition de l'aliment et la nature des systèmes actifs des micro-organismes dominants, on assistera à un type particulier d'altération, remarquable par les changements d'apparence, de texture, d'odeur et de saveur qu'il provoque dans le produit.

Les aliments riches en glucides (comme les fruits et légumes) ne s'altèrent pas de la même manière que les denrées riches en protéines (comme la viande ou les œufs).
Les aliments très salés ou très sucrés, ainsi que ceux qui sont déshydratés, sont peu propices au développement des micro-organismes.

Glucides

Lorsque des glucides sont présents dans un produit alimentaire, ils sont généralement les premiers composés utilisés par les micro-organismes, avant les protéines et les lipides.
Les monosaccharides (glucose, fructose, galactose...), les disaccharides (saccharose, lactose, maltose...) et leurs dérivés (mannitol, sorbitol...) sont métabolisés en premier lieu.

Les micro-organismes qui contaminent un aliment ne sont pas tous responsables de sa détérioration. La flore d'altération comprend souvent un petit nombre d'espèces dominantes.
La composition de cette flore d'altération varie avec le type d'aliment et les conditions d'entreposage.

La principale cause de détérioration de nos aliments est la prolifération de certains des micro-organismes qui les contaminent. Les informations suivantes, décrivent les sources de contamination et les conditions qui favorisent la prolifération des micro-organismes dans les aliments.

Contamination, altération et détérioration des aliments

Contamination et détérioration des fruits et légumes

Contamination et détérioration des produits laitiers

Contamination et détérioration des oeufs et ovoproduits

Contamination et détérioration des viandes et volailles

Contamination et détérioration des poissons et fruits de mer

Contamination et détérioration des produits céréaliers

Contamination et détérioration des produits riches en sucre

Contamination et détérioration des conserves

Contamination et détérioration des autres produits alimentaires