L'air n'est pas un milieu propice à la croissance des micro-organismes vu l'absence de nourriture et le manque d'humidité. Il n'y a donc pas, à proprement parler, de microflore particulière de l'air.
 Toutefois, des micro-organismes s'y rencontrent en densité extrêmement variable, et proviennent de différentes sources : flore de surface du sol,
- Des matières en décomposition ou de la végétation qui est soulevée par le vent.
- Micro-organismes fixés sur des poussières d'origine diverse ou dans des gouttelettes d'eau en aérosol provenant de chutes d'eau.
- De liquides de pulvérisation et d'irrigation associés aux activités de la région. L'épandage par pulvérisation de fumier liquide ou de purin, entre autres, est une source importante de germes pour les zones avoisinantes.
Ces différents micro-organismes survivent un certain temps dans l'air avant de disparaître, les plus résistants persistant plus longtemps, c'est le cas, en particulier, des spores de moisissures et de bactéries.
Les levures peuvent également être présentes, mais elles sont généralement moins abondantes que les bactéries et les moisissures.
Le froid, les ultraviolets du soleil et les précipitations réduisent la densité des micro-organismes dans l'air.
La densité et les types de micro-organismes présents dans l'air des habitations varient considérablement en fonction de plusieurs facteurs dont le taux de renouvellement, l'agitation de l'air (courants d'air, ventilation, mouvements des personnes...), l'humidité, la température, le nombre de personnes présentes et la quantité de poussière ou de gouttelettes de liquide en suspension.
Les gouttelettes buccales et nasales émises par les humains (ventilation pulmonaire, paroles, éternuements, toux...) renferment de grandes quantités de micro-organismes de la flore respiratoire.
Ces germes meurent plus ou moins rapidement au contact de l'air, mais si des aliments se trouvent à proximité des sources d'émission, ils pourront être contaminés.
Dans les système de ventilation mécanique, les filtres doivent être fréquemment changés ou stérilisés, car ils peuvent devenir une cause de contamination de l'air.
Afin de réduire la contamination des aliments par les micro-organismes véhiculés par l'air, il convient de :
- Couvrir les aliments autant que possible.
- Enlever la poussière régulièrement (propreté des lieux).
- Éviter les causes d'agitation de l'air (courants d'air, ventilation excessive, mouvements).
- Réduire la charge microbienne de l'air par filtration ou autre.
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