Durant les différentes manipulations que subissent les aliments avant leur consommation ou leur mise en conserve, d'autres micro-organismes peuvent contaminer et détériorer les aliments.
Les équipements et les ustensiles qui entrent en contact avec les aliments, de même que les personnes qui les manipule, sont à l'origine d'une contamination additionnelle, ce qui diversifie la microflore présente et augmente le nombre total de germes.
L'ampleur de ces contaminations dépend directement du niveau d'hygiène et des précautions prises à toutes les étapes, soit du ramassage ou de l'abattage jusqu'au traitement final.
La propreté des lieux servant à l'entreposage et au traitement des aliments, la fréquence et la qualité du nettoyage des équipements, des ustensiles et des plans de travail, le niveau d'hygiène des personnes qui travaillent les aliments sont des facteurs d'une importance capitale.
Les micro-organismes s'attachent facilement aux matériaux, le contact des aliments avec des surfaces mal nettoyées, comme des plans de travail, des murs, des tapis, etc. augmente considérablement les risques microbiens.
Les machines et leurs accessoires (malaxeur, broyeur, hache-viande, éminceur...) sont inévitablement sources de contamination s'ils ne sont pas fréquemment et parfaitement nettoyés (les particules de nourriture qui y séjournent constituent des milieux favorables à la multiplication microbienne).Également pour les ustensiles (couteaux, planches à découper...) et les récipients (paniers, bols, bacs...).
Tous ces équipements doivent faire l'objet d'un entretien régulier comportant non seulement un nettoyage minutieux, mais également une désinfection.
Il est très important d'éviter la contamination croisée entre les aliments crus, souvent très contaminés, et des aliments cuits. Tout ce qui est entré en contact avec les premiers (ustensiles, équipements, mains) doit être lavé avant de servir aux seconds.
La qualité des matériaux d'équipements est également importante.
Le revêtement des murs et des planchers ainsi que les plans de travail doivent être lisses, imperméables et faciles d'entretien. L'acier inoxydable est plus facile à désinfecter que le caoutchouc et le plastique.
Il convient d'éviter les matériaux trop poreux comme le liège ou fissurés, car il est presque impossible d'en déloger les micro-organismes.
Les animaux (insectes, rongeurs, animaux domestiques) ne doivent jamais être tolérés dans des lieux d'entreposage ou de préparation d'aliments : ils peuvent véhiculer et transmettre des germes en plus d'augmenter le niveau de contamination des aliments.
