La microflore du sol varie considérablement selon les conditions climatiques et la teneur du sol en matières organiques.
Un sol fertile renferme normalement des débris végétaux et animaux, comme les matières fécales servant de fertilisants, qui entretiennent une microflore abondante et variée durant la belle saison : La plupart des espèces microbiennes d'altération des aliments y sont représentées.
Des particules de sol chargées de micro-organismes adhèrent aux plantes et aux pattes des animaux qui s'y déplacent.
D'autres particules de sol sont soulevées par le vent ou entraînées par l'eau de ruissellement, provoquant une dissémination des micro-organismes dans l'air et dans le milieu aquatique.
Les insectes contribuent également à la propagation des micro-organismes.
Les produits alimentaires les plus exposés aux micro-organismes du sol sont évidemment les tubercules et les racines, comme les pommes de terre, les carottes, les navets, les betteraves, etc....
La poussière, soulevée par le vent ou éclaboussée par la pluie, contamine également les fruits et légumes, mais c'est souvent au moment de la récolte, surtout lorsqu'elle est faite mécaniquement, que la contamination est le plus importante.
Généralement, les germes demeurent en surface tant que l'épiderme naturel est intact.
Un lavage adéquat avant l'épluchage réduit considérablement l'ampleur de ce type de contamination.
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