Contamination et détérioration des aliments d'origine animale

La peau des animaux possède une flore normale bien établie et stable. Elle véhicule également un grand nombre de contaminants, particulièrement sur les pattes, les poils et les plumes. Ces contaminants proviennent du sol, des matières fécales, de l'eau, de l'air, de la nourriture, des insectes et des rongeurs.
Les animaux hébergent également de nombreux micro-organismes dans leurs voies respiratoires (flore respiratoire) et digestives (flore buccale, flore intestinale et fécale).
Toutefois, chez l'animal vivant et en bonne santé, des mécanismes de défense empêchent la propagation de ces micro-organismes dans les tissus internes, si bien que la chair, le lait et les œufs sont stériles à l'origine.

Au cours de l'abattage, de l'éviscération et de la découpe des carcasses, les germes de surface et des viscères contaminent la viande de façon plus ou moins importante selon les précautions et les mesures d'hygiène.
De même, un œuf dont la coquille est fissurée, un pis de vache mal lavé, des poissons vidés et mis en filets dans une même opération sont d'autres exemples où la contamination d'origine animale est amplifiée.

Les micro-organismes de la flore intestinale sont la principale source de contamination de la viande et du poisson. Ils contiennent souvent, en plus des germes d'altération, des espèces potentiellement pathogènes. De bonnes techniques d'hygiène, particulièrement au moment de l'éviscération, sont absolument nécessaires.

La contamination de la viande se fait principalement au cours de l'abattage et de la préparation des carcasses (evisceration, écorchage, mise en quartiers...). La conservation de la viande se trouve compliquée par le fait que la musculature des animaux fraîchement abattus (bœuf principalement) est sèche, dure et insipide. On doit donc laisser reposer la viande quelques jours (généralement une semaine, parfois davantage) pour qu'elle devienne tendre et juteuse.