Les grains de céréales possèdent une flore microbienne abondante et variée. On y trouve particulièrement des bactéries des genres Pseudomonas, Micrococcus, Lactobacillus, Bacillus et plusieurs autres, de même que des levures et plusieurs types de spores de moisissures (principalement Aspergillus et Pénicillium).
Ces nombreuses bactéries, levures et moisissures sont localisées en surface, principalement sur les enveloppes du grain. L'élimination d'une partie ou de la totalité des enveloppes réduit considérablement les risques.

La farine blanche

La farine blanche, qui subit une étape de blanchiment par des oxydants, comme le chlore, le peroxyde de benzoyle, l'oxyde d'azote, contient beaucoup moins de micro-organismes.
Les grains et les farines se conservent bien à condition de les maintenir en atmosphère sèche, l'humidité provoque le développement de moisissures.

Le Pain

La moisissure est la cause la plus fréquente de l'altération du pain. Bien que les spores de moisissures soient détruites au cours de la cuisson du pain, la croûte est rapidement recontaminée par celles qui sont en suspension dans l'air ou présentes sur les appareil de tranchage ou les surfaces de contact, les emballages ou sur les mains des personnes qui le manipulent.

Les spores de moisissures pourront éventuellement germer et altérer le produit au cours de son entreposage, particulièrement si l'air ambiant est chaud et humide, ou si le pain est emballé à chaud, ce qui provoque de la condensation à l'intérieur de l'emballage au cours du refroidissement.

Les pains tranchés et emballés dans des sacs de plastique sont plus fragiles que les autres. Le tranchage contamine la mie, tandis que l'emballage maintient un niveau d'humidité assez élevé. C'est pourquoi des agents chimiques de conservation (propioniate de sodium ou de calcium généralement) leur sont habituellement ajoutés pour inhiber ou ralentir la croissance des moisissures et de Bacillus

Altération et détérioration du pain

Pain moisi

Germes responsables :	Rhizopus ou moisissures du pain, Mucor, Geotrichum...
Description :
Les moisissures forment un mycélium blanchâtre et cotonneux avec des points noirs. Certaines moisissures se présentent sous forme de colonies poudreuses de couleur verte (Pénicillium), de petites colonies rosées (Neurospora) ou de couleur vert brunâtre avec diffusion de pigment jaune dans le pain (Aspergillus).

Pain filant

Germes responsables :	Bacillus subtilis
Description :
Altération d'origine bactérienne qui peut survivre à la cuisson du pain. Elles se développent dans des conditions de température et d'humidité élevées. Commun autrefois avant l'emploi de conservateurs chimiques, de la réfrigération et de la congélation pour la conservation du pain Visibles lorsque l'on rompt et écarte la mie de pain sous forme de fils, la mie est collante et une pigmentation jaune brunâtre apparaît progressivement. Cette altération peut également survenir dans des gâteaux peu sucrés Odeur déplaisante souvent perceptible

Pain rouge

Germes responsables :	Serratia marcescens, Neurospora sitophila, Geotrichum aurantiacum
Description :
Altération spectaculaire mais très rare. Couleur rouge sang des zones contaminées est due à la pigmentation des bactéries, dont la croissance requiert des conditions d'humidité inhabituellement élevées. Des moisissures peuvent également provoquer des taches rosées sur le pain.

Autres produits céréaliers

Les pâtes alimentaires non cuites, les biscuits secs et les céréales de déjeuner ont un taux d'humidité trop faible pour permettre le développement microbien.
Ils sont habituellement vendus dans des emballages hermétiques qui empêchent l'augmentation de leur altération par des moisissures sous l'influence de l'humidité ambiante, sauf dans le cas d'une exposition prolongée à l'air humide.