Plusieurs vitamines sont produites par les micro-organismes.
La vitamine B12 peut être obtenue à partir de cultures de Propionibacterium shermanii et de Pseudomonas denitrificans.
La riboflavine (B2) est produite par les moisissures Ashbya gossypii et Eremothecium ashbyi. L'ergostérol (précurseur de la vitamine D) et l'acide ascorbique (vitamine C) sont d'autres exemples où des micro-organismes interviennent dans la production.
On extrait également de certaines levures (Saccharomyces, Candida...) un complexe multivitaminique servant de supplément alimentaire.
Les colorants alimentaires ont différentes origines (extraits de végétaux, synthèse chimique), mais quelques-uns peuvent s'obtenir par voie microbienne. Ainsi, des caroténoïdes (pigments jaune orangé) peuvent provenir de levures comme Rhodotorula gracilis et d'autres micro-organismes.
On extrait un colorant jaune, un flavonoïde, d'une souche de moisissure (Epicoccum nigrum).
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