Les micro-organismes jouent un rôle clé dans le développement de produits, l'arôme et de la saveur d'autres produits alimentaires comme le café, le fermentes cacao, le thé et la vanille. En effet, à l'état frais, ces produits ont une saveur peu prononcée.

Celle-ci se développe au cours du séchage et de la maturation grâce à l'activité enzymatique d'une flore microbienne complexe, présente naturellement à la surface de ces produits.
Ces processus sont complexes, le chocolat, par exemple, contient plus de 1 200 composés chimiques naturels résultant de l'activité microbienne.

Le café

Le fruit du caféier est une baie pulpeuse renfermant deux grains de café entourés d'une coque.
Au cours de la fermentation du fruit, des bactéries pectinolytiques (en particulier Erwinia) contribuent à libérer les grains de café de leur gangue pulpeuse par digestion de la pectine.
Cette étape est suivie d'une fermentation lactique des glucides disponibles (Leuconostoc mesenteroides, Lactobacillus brevis, Lactobacillus plantarum et Enterococcus fœcalis).
Les acides organiques formés (acide lactique, acide acétique...) sont à leur tour dégradés par des micro-organismes.
Tous ces germes participent de façon plus ou moins importante au développement de l'arôme, qui s'affirme au moment du rôtissage (ou torréfaction).
Cette dernière opération met fin aux actions enzymatiques de la flore microbienne.

Le cacao

On extrait les grains de cacao de la pulpe visqueuse du fruit du cacaoyer, puis on les empile pour favoriser leur fermentation.
Durant cette période, qui dure environ une semaine, on remue les grains plusieurs fois pour éviter une surchauffe (la température ne doit pas dépasser 45 à 50 °C).
Les grains sont ensuite mis à sécher et rôtis.
La fermentation s'effectue en plusieurs étapes.
La première consiste principalement en une fermentation alcoolique des sucres de la pulpe par diverses levures.
L'éthanol produit est ensuite transformé en acide acétique par diverses bactéries acétiques.
Plusieurs autres micro-organismes interviennent également dans la fermentation du cacao, comme des bactéries lactiques et une bactérie productrice d'éthanol, Zymomonas mobilis.
Les levures semblent être les micro-organismes les plus importants pour la production de composés d'arômes.

Le thé

Pour la préparation du thé noir, les feuilles du théier sont séchées puis écrasées. Les enzymes du suc cellulaire ainsi libérées sont les principales responsables de la fermentation des feuilles.
Diverses bactéries et levures contribuent cependant à la qualité et à la saveur du produit fini par leur activité enzymatique.
Les feuilles du thé vert ne sont pas fermentées.