Les viandes crues possèdent une flore lactique naturelle qui ne demande qu'à croître pour peu que les conditions environnementales le permettent. Cependant, une grande variété d'autres micro-organismes sont également présents, en particulier des germes indésirables d'altération et quelques pathogènes. On doit prendre certaines mesures pour contrer leur développement.
Comme pour les légumes fermentes, la plus importante de ces mesures est le salage de la viande avant la fermentation, soit au sel sec, soit par trempage dans un bain de saumure. En plus de réprimer les germes d'altération, le sel a pour effet d'extraire de la viande les nutriments favorables à la croissance des ferments lactiques.
L'abaissement du pH par l'acide lactique produit au cours de la fermentation assure la dominance de la flore lactique, tandis que le séchage après la fermentation permet une conservation de longue durée. On prépare ainsi de façon traditionnelle, particulièrement en Italie, en Allemagne et dans d'autres pays européens, des saucissons, des salamis, des saucisses sèches, des jambons, etc.

Il va sans dire que les viandes mises à fermenter doivent être traitées avec le plus scrupuleux respect des mesures d'hygiène car une contamination trop importante empêcherait la flore lactique de proliférer normalement. Les viandes doivent également être exemptes de parasites, en particulier de larves de trichine, le mode de préparation ne permettant pas de les détruire.
L'industrie alimentaire moderne utilise des procédés similaires aux méthodes artisanales traditionnelles, mais elle les modifie légèrement afin d'accélérer la fermentation, de renforcer l'innocuité et de standardiser les produits.
On ajoute des conservateurs chimiques, nitrites et nitrates, pour inhiber le développement de Clostridium botulinum, agent du botulisme, conserver une belle couleur rouge à la viande et donner une saveur particulière.
On inocule différents ferments, principalement des bactéries lactiques, pour assurer une dominance précoce des germes désirables.
Des sucres (glucose, lactose...) peuvent être ajoutés pour augmenter la production d'acide lactique. Les facteurs environnementaux sont soigneusement contrôlés au cours des opérations de fermentation et de séchage (température, humidité, ventilation...).

Principales étapes de la préparation du saucisson sec de type italien.
La viande est d'abord hachée.
On ajoute du sel, des nitrites et des epices, puis des ferments lactiques avant la mise en boyau.
Après une fermentation à 25 °C pendant environ deux jours, les saucissons sont mis à sécher.
La maturation en chambre de séchage dure environ un mois.

Pour d'autres types de charcuterie (méthode allemande, par exemple), la fermentation peut être suivie d'un fumage ou d'une pasteurisation.
La fumée agit comme agent bactériostatique, surtout en surface, et la pasteurisation détruit un grand nombre de micro-organismes d'altération, ce qui aide à la conservation.

Ferments utilisés pour les viandes
Bactéries lactiques	Il s'agit principalement de bactéries homofermentaires des genres Lactobacillus et Pediococcus. En plus d'acidifier la viande, elles synthétisent différents composés d'arôme qui contribuent aux qualités organoleptiques du produit. La répression des germes indésirables est renforcée par la sécrétion, particulièrement par les lactobacilles, de metabolites inhibiteurs (acides organiques, peroxyde d'hydrogène...).
Microcoques	Les microcoques sont des bactéries aérobies qui tolèrent bien les concentrations relativement élevées de sel. Ils trouvent dans la viande salée mise à fermenter un milieu favorable à leur développement. Les microcoques sont déjà présents sur la viande mais on peut également inoculer certaines souches. Ils sont importants pour la qualité organoleptique du produit à cause de leur activité lipolytique. Ils préviennent également le rancissement du gras et les défauts de coloration. Enfin, ils transforment les nitrates en nitrites, ce qui contribue à l'inhibition de Clostridium botidinum.
Levures	On ajoute parfois une levure lipolytique, Debaryomyces hansenii, pour améliorer l'arôme du produit et minimiser le développement des autres levures ou des moisissures.

La viande mise à fermenter à une température élevée (15 à 25 °C) subit une croissance bactérienne intense en l'espace de quelques heures.
Les microcoques et les lactobacilles, particulièrement s'ils ont été inoculés, se développent très tôt et dominent ensuite durant toute la durée de la fermentation et de la maturation (environ trois semaines). Des levures et des moisissures croissent plus lentement, leur présence devenant importante en surface vers la fin de la période de maturation.
Parallèlement, les bactéries indésirables (Pseudomonas, conformes...) disparaissent progressivement du fait de l'abaissement du pH, du taux élevé de sel, de la dessiccation et de l'action des metabolites inhibiteurs sécrétés par les bactéries lactiques.
Cependant, les entéro-coques et les staphylocoques peuvent manifester une certaine croissance à cause de leur tolérance au sel.

À la surface des viandes fermentées, des moisissures (Pénicillium, Aspergillus, Geotrichum...) ont tendance à se développer.
Ces mycètes peuvent contribuer à l'aromatisation du produit mais un développement trop important est indésirable.
Pour réduire ce risque, on brosse régulièrement la surface des produits.
On peut également ensemencer la surface des viandes préparées à l'aide de souches de moisissures favorables comme Pénicillium camemberti, ou de la levure Debaryomyces hansenii.

Le développement de l'arôme et de la saveur des viandes fermentées se fait surtout durant la période de maturation et de séchage. Un grand nombre de composés en sont responsables.
Certains proviennent de la fermentation lactique, mais la plupart sont dus à l'activité lipolytique des microcoques et des levures.
La protéolyse bactérienne est normalement limitée à la libération de petites quantités d'acides aminés, qui influent également sur les qualités organoleptiques du produit.