Les acides organiques sont des additifs très utilisés dans l'industrie alimentaire. Ils peuvent servir d'agents de conservation, d'acidulants, d'antioxydants, d'émulsifiants, etc.
On peut extraire la plupart des acides organiques de cultures microbiennes car certains micro-organismes en synthétisent de grandes quantités au cours de leur métabolisme.

Acide citrique	L'acide citrique était obtenu autrefois par extraction de citrons siciliens. C'est en 1916 qu'une moisissure, Aspergillus niger, fut utilisée pour la première fois pour cette production. Le procédé s'est ensuite généralisé car il est beaucoup plus économique. Aujourd'hui, la plus grande partie de l'acide citrique est produite par des moisissures cultivées sur mélasse (plusieurs espèces d''Aspergillus, de Pénicillium, de Mucor...). L'acide citrique peut également être produit par des levures du genre Candida cultivées sur methanol. Dans l'industrie alimentaire, l'acide citrique est ajouté aux extraits de saveurs, aux boissons gazeuses et aux bonbons pour leur donner une saveur légèrement acidulée. Il aide à la conservation de nombreux aliments en abaissant le pH. Il sert d'antioxydant contre le rancissement des huiles et matières grasses, et contre le brunissement des fruits. Ajouté aux légumes et aux champignons avant la mise en conserve, il permet de réduire l'intensité du traitement à la chaleur.

Acide lactique	L'acide lactique est produit en grande quantité à partir des sucres par les bactéries lactiques homofermentaires ; diverses espèces de Lactobacillus servent à la production de cet acide organique. Mais d'autres micro-organismes peuvent également être utilisés, comme Bacillus coagulons et certaines moisissures. Le choix du type de micro-organisme varie selon le substrat disponible (lactosérum, mélasse, panouilles de maïs hydrolysées, enveloppes de graines de coton...). L'acide lactique sert à acidifier des confitures, des gelées, des confiseries, des boissons gazeuses et autres produits. Il peut être additionné à la saumure au cours de la fabrication des marinades et des olives, pour prévenir les défauts de fermentation ou de conservation. Il sert d'agent de conservation du poisson et d'autres aliments. Sous forme de lactate de calcium, il fait partie des ingrédients de la levure chimique.

Acides organiques
Additifs alimentaire	Micro-organismes producteur	Exemples d'utilisation
Acide acétique	Acetobacter aceti (bactérie)	Agent de conservation dans les mayonnaises, pâtisseries...
Acide lactique	Lactobacillus (bactérie) Aspergillus griseus (moisissure) Rhizopus (moisissure)	Agent de conservation et acidulant pour confitures, gelées, confiseries, boissons gazeuses, marinades, olives, poissons...
Acide citrique	Aspergillus niger (moisissure)	Acidulant et antioxydant dans les boissons gazeuses, produits laitiers, desserts, fruits congelés, fruits et légumes en conserve...
Acide gluconique	Aspergillus niger (moisissure) Pénicillium chrysogenum (moisissure)	Acidulant pour viandes, salaisons, bière, renforce le de goût dans la margarine...
Acide fumarique	Rhizopus (moisissure) Mucor (moisissure)	Acidulant dans les jus de fruits, desserts à la gélatine, biscuits secs, lait en poudre, jambon...
Acide malique	Pénicillium brevicompartum (moisissure) Leuconostoc (bactérie) Aspergillus oryzae (moisissure)	Acidulant dans les confiseries, jus de fruits, crème glacée...
Acide tartrique	Pénicillium notatum (moisissure)	Acidulant pour boissons, gelées...
Acide propionique	Propionibacterium spp	Agent de conservation de nombreux aliments, dont les pâtisseries...