Nous ingérons sans dommages des millions de micro-organismes chaque jour (dont certains sont potentiellement pathogènes), car nos moyens de défense permettent de faire échec à leur installation et à leur multiplication dans l'organisme.

Le système digestif est formé d'un long tube qui s'étale sans interruption de la bouche à l'anus, tube auquel se greffent quelques glandes annexes (glandes salivaires, foie-vésicule biliaire, pancréas). Diverses enzymes digestives sont déversées le long de ce parcours :

La bouche (salive).
L'estomac (suc gastrique).
L'intestin grêle (suc pancréatique et bile).

La musculature bien développée de la paroi du tube digestif assure le mélange intime de ces enzymes avec les aliments et la propulsion du bol alimentaire en direction de l'anus (péristaltisme).
La muqueuse forme la partie la plus interne de la paroi du tube digestif et c'est la zone fonctionnellement la plus importante, particulièrement au niveau de l'intestin grêle.
Elle est constituée typiquement d'un epithelium et d'un chorion.
L'épithélium intestinal est formé d'une couche unique de cellules qui tapisse toute la surface de la muqueuse exposée aux aliments et aux enzymes digestives.
Cet epithelium repose sur un tissu conjonctif, ou chorion, riche en capillaires sanguins et en vaisseaux lymphatiques.
Au fur et à mesure que les substances nutritives des aliments sont digérées par les enzymes, elles sont absorbées à travers la couche épithéliale, avant d'être prises en charge par la circulation sanguine ou lymphatique.
Comme l'efficacité de l'absorption des nutriments est directement proportionnelle à la surface de contact entre les aliments et l'épithélium digestif, on comprend facilement l'utilité des nombreux replis de cette muqueuse (villosités et les microvillosités intestinales)

En plus des moyens de défense décrits précédemment, l'organisme peut développer des armes spécifiques capables de s'attaquer à un micro-organisme donné. Cela est possible parce que les cellules de tous les êtres vivants, y compris les cellules microbiennes, possèdent des structures moléculaires de reconnaissance, appelées antigènes, qui marquent l'identité de la souche.
Le repérage, par notre système immunitaire, d'antigènes étrangers à la surface d'un micro-organisme lui permet d'identifier l'intrus et de produire entre autres une réponse dirigée uniquement contre celui-ci grâce à la formation d'anticorps, des molécules protéiques capables de se lier spécifiquement aux antigènes correspondants.

Les moyens de défense spécifiques jouent un rôle majeur dans les Toxi-infections alimentaires en mettant un terme au processus infectieux, ce qui amène la guérison.
Ils permettent, selon les cas, de neutraliser les toxines, d'empêcher la fixation des micro-organismes sur l'épithélium intestinal ou de renforcer l'efficacité des moyens de défense non spécifiques.
Ils aident également, par la suite, à prévenir les Toxi-infections alimentaires de même origine.