Les micro-organismes présents dans les aliments sont responsables d'un grand nombre de toxi-infections alimentaires.
Ces incidents sont dus en général à une négligence: contamination des aliments par des manipulations peu soigneuses ou conditions propices à la croissance microbienne.

Principales causes de contamination des aliments (en %))
Dans 39% des cas :	Entreposage et stockage à une température inadéquate
Dans 19% des cas :	Hygiène personnelle insuffisante
Dans 15 % des cas :	Équipement et matériel contaminés
Dans 14 % des cas :	Cuisson de l'aliment inadéquate
Dans 5 % des cas :	Aliments contaminés à la source
Dans 8 % des cas :	Causes inconnus ou autres raisons de contamination

Une hygiène insuffisante au cours de la récolte ou de l'abattage, de l'entreposage et surtout de la préparation des aliments augmente la charge et la diversité microbienne avec un risque accru de toxi-infection.

Le séjour des aliments dans des conditions propices au développement des micro-organismes susceptibles de provoquer des maladies, amène une prolifération excessives et l'atteinte du seuil d'intolérance pour l'organisme humain. Plusieurs aliments montrent une élévation rapide de leur charge microbienne contaminante durant un séjour de quelques heures à la température de la pièce

Une cuisson insuffisante ou des mesures d'assainissement inadéquates permettent la survie d'un certain nombre de micro-organismes ou de parasites présents dans les aliments. Alos que la plupart d'entre eux sont facilement détruits au cours de la cuisson complète d'un aliment ou par suite de l'application de mesures d'assainissement, comme la pasteurisation.

Le secteur de la restauration collective (restaurants, cafétérias, cantines, banquets, repas collectifs préparés par des traiteurs, etc.) est de loin le plus souvent relié aux toxi-infections alimentaires.
Le fait que les aliments soient préparés en grande quantité, longtemps à l'avance et maintenus à une température propice au développement des micro-organismes avant le service, peut expliquer en partie ce phénomène.
Bien que les infections qui surviennent au domicile soient rapportés dans une plus faible proportion aux autorités sanitaires, il n'en reste pas moins que le nombre de cas d'infections est beaucoup plus élevé dans la restauration collective qu'au domicile.

La plupart des cas de toxi-infections alimentaires mettent en cause la viande, la volaille ou des mets préparés à base de viande ou de volaille.
La proportion est similaire dans la plupart des pays occidentaux.

Aliments le plus souvent responsables de toxi-infection (en proportion)
Catégories d'aliments	Type de produits
Viande	Rôti de bœuf Viande hachée (hamburger) Saucisses Jambon
Volaille	Poulet frit Plats préparés à base de volaille
Poissons Fruits de mer	Coquillages Crevettes Saumon Thon Homard
Sandwichs	Préparation à base d'œufs Préparation contenant de la viande
Céréales	Pâtes alimentaires (spaghetti et lasagne)
Boulangerie	Gâteaux Tartes
Salades	Contenant des pommes de terre Contenant du chou ou des légumes Contenant du poulet ou de la dinde