La détérioration des aliments constitue un problème d'une ampleur considérable si l'on considère qu'elle touche, par exemple, près du quart des fruits, légumes et céréales récoltés chaque année, sans parler des autres denrées alimentaires avariées qui doivent être jetées avant leur consommation.

La détérioration peut avoir diverses origines :

Attaques d'insectes ou de rongeurs.

Actions physiques (gel, écrasement au cours de la récolte ou du transport, fiétrissement par déshydratation, etc.).

Détériorations chimiques (brunissement, rancissement par oxydation, rassissement du pain et des pâtisseries) .

Altérations dues aux aliments eux-mêmes (ramollissement exagéré des fruits, brunissement, etc.).

Altérations d'origine microbienne.

Ces micro-organismes sont présents partout dans l'environnement (eau, sol, air), sur les plantes, les animaux et les humains eux-mêmes. Puisque nos aliments sont des produits dérivés des plantes ou des animaux, qu'ils sont exposés à l'air, à l'eau et à la poussière, qu'ils doivent être manipulés par différentes personnes et avec différents équipements, il est inévitable qu'ils contiennent des micro-organismes.
Le nombre et la diversité de la microflore, par contre, varient considérablement d'un produit à un autre.

Les micro-organismes présents sur ou dans les aliments peuvent avoir plusieurs origines : les microflores naturelles du sol, de l'eau, de l'air et des aliments eux-mêmes, ainsi que les micro-organismes introduits au cours des manipulations.

Micro-organismes contaminants et microflore du sol

Micro-organismes contaminants et microflore de l'eau

Micro-organismes contaminants et microflore de l'air

Contamination durant la manipulation des aliments

Interactions entre les micro-organismes

Pour prévenir ou retarder les détériorations d'origine microbienne, on doit prendre des précautions à tous les stades de manipulation et de traitement des denrées alimentaires, afin de minimiser la mise en contact des micro-organismes avec les aliments, prévention de la contamination, et ajuster les conditions d'entreposage de telle sorte qu'elles réduisent la vitesse de prolifération.
De plus, on peut faire subir aux aliments différents traitements pour éliminer partiellement ou totalement la microflore présente.

Dans la phase finale de la fabrication, un produit alimentaire contient une flore microbienne qui est la résultante des contaminations successives.
Le nombre total de cellules microbiennes présentes sur ou dans un aliment, augmente ses probabilités d'altération. Cet aliment se conserve moins longtemps, les traitements de conservation qu'il subit sont moins efficaces. La quantité de germes contaminants et les espèces en présence peuvent également influer sur le type d'altération anticipé.
Une bonne hygiène à tous les stades réduit les risques de contamination excessive, et différents traitements peuvent empêcher que les germes introduits dans les aliments ne s'y multiplient rapidement par la suite.

La présence de micro-organismes n'explique pas à elle seule la détérioration d'un aliment. Les conditions ambiantes permettrent également leur croissance.
Température	La température d'entreposage est le facteur le plus important qui affecte la durée de conservation et le type d'altérations microbiennes des produits alimentaires. Le rythme de développement d'un micro-organisme varie avec la température et qu'au-delà de certaines limites, toute croissance est impossible. Il y a possibilité d'altération chez les aliments maintenus à une température comprise entre -5 °C et +70 °C, à l'intérieur de cet intervalle, il y a des écarts considérables quant à la rapidité, au type d'altération et aux micro-organismes en cause.
Humidité de l'air ambiant	Une humidité ambiante élevée favorise la prolifération des micro-organismes, particulièrement en surface des aliments. Même les produits réputés pour se conserver facilement du fait de leur état déshydraté, peuvent se couvrir de moisissure si l'humidité ambiante est suffisante. Si l'humidité relative de l'air ambiant est supérieure à celle de l'aliment, il y aura augmentation de l'eau de surface et il deviendra alors compatible avec la croissance d'un plus grand nombre de micro-organismes. Un biscuit sec ou du lait en poudre, que l'on conserve normalement sans problèmes, peuvent être attaqués par des moisissures s'ils sont placés en atmosphère humide. Un aliment chaud placé dans un récipient hermétique verra rapidement sa surface se couvrir d'eau de condensation au cours d'un refroidissement rapide. Cette situation peut favoriser le développement de germes d'altération, en particulier de bactéries, sur les aliments réfrigérés.

Souvent, les changements d'origine microbienne entraînent une détérioration (perte d'éléments nutritifs, ramollissement des tissus, saveurs et odeurs désagréables...) qui rend le produit impropre à la consommation humaine à plus ou moins court terme. C'est là la conséquence de leur activité naturelle de décomposition, les micro-organismes s'attaquant avec autant de vigueur à nos aliments qu'aux déchets végétaux et animaux.
Dans certains cas, des micro-organismes pathogènes peuvent se multiplier ou sécréter des substances toxiques dans nos aliments.

Contamination, altération et détérioration des aliments

Contamination et détérioration des fruits et légumes

Contamination et détérioration des produits laitiers

Contamination et détérioration des oeufs et ovoproduits

Contamination et détérioration des viandes et volailles

Contamination et détérioration des poissons et fruits de mer

Contamination et détérioration des produits céréaliers

Contamination et détérioration des produits riches en sucre

Contamination et détérioration des conserves

Contamination et détérioration des autres produits alimentaires